三本学校学费因学校性质、地区及专业不同差异较大，通常在 1 万至 3 万元之间，其中民办院校、沿海发达地区院校及艺术类、医学类等专业学费相对较高。
按学校性质划分
民办三本院校：学费普遍较高，通常在 1.5 万至 3 万元之间。因为民办院校没有国家的拨款，主要依靠学生学费来维持运营，需要承担教学设施建设、教师薪酬等各项费用。
公办三本院校：学费相对较低，一般在 4000 元至 1 万元左右。这类院校有国家和地方政府的财政支持，所以学费较为便宜。不过，现在很多省份已经取消了三本批次招生，原来的三本院校仍存在，但部分公办三本院校在调整招生政策后学费可能会有所变化。
按地区划分
沿海发达城市：三本院校的普通本科专业学费每年多在 1.6 万元左右，个别专业甚至高达 1.8 万元。像北京、上海、广东等一线城市和发达地区，由于生活成本和运营成本较高，学费也会相应偏高。例如，北京市的三本院校学费每年在 1.61 万元至 2.8 万元之间，广东省在 1.8 万元至 2 万元之间。
西部内陆等经济欠发达地区：学费相对较低，多数普通本科专业的学费低于 1 万元。比如江西、云南等地的一些三本院校，像江西财经大学现代经济管理学院学费为每年 8000 元，云南大学滇池学院每年 10000 元。
按专业划分
普通专业：学费一般在 1.5 万元至 2 万元之间。文科、理科等普通专业教学成本相对较低，学费也处于中等水平。如浙江大学城市学院的土木工程、计算机科学与技术等专业学费为 6000 元 / 年。
艺术类专业：学费通常较高，普遍在每年 2 万元以上，部分专业可能超过 3 万元。因为艺术类专业需要更多的教学资源和设备投入，如音乐专业的乐器、美术专业的绘画材料等，所以学费较贵。例如，浙江大学城市学院的视觉传达设计、环境设计等专业学费可达 2.7 万元 / 年。
医学类专业：学费也相对较高，一般会高于普通文科、理科专业，不过通常低于艺术类专业。医学类专业的课程设置复杂，需要大量的实验设备和实践教学，教学成本较高，所以学费也会相应提高。
